王正祥教授长期从事工业微生物育种，工业酶的分子改造、高效表达、高效制备与工业应用，以及大宗化学品的生物绿色制造等领域研究工作。在以重大淀粉酶品为代表的12种工业酶制剂的创制、工业化制造及其应用方面填补了我国多个酶品工业化生产的技术空白，并获得国家技术发明二等奖；以分子开关为代表的工业微生物菌种代谢工程育种新理论与新技术应用，以及推动我国可降解塑料产业发展进程等方面卓有建树，核心技术拥有独立自主知识产权，并获得2项国际发明专利。带领科研团队建成了对外开放的大型工业微生物资源库与工业酶制剂实物库，为我国生物质资源化利用搭建了宝贵的生物素材库，并在此基础上为金砖国家间科技合作与科技外交作出卓越贡献。